Кафедра была создана в 2003 году на базе кафедры эпизоотологии, ветеринарно-санитарной экспертизы и паразитологии. С 2003 года и по данное время заведующий кафедрой к. в. н., доцент Кондакова И.А.

В 2014 года на базе кафедры эпизоотологии, микробиологии и паразитологии организован ветеринарный музей.